Giaur, rozumiem Cię - sam tak myślałem. Także używam Total Commandera do zarządzania plikami - uważam, że nie ma lepszego "fajlmenedżera". I też - troszkę już temu - buntowałem się przeciwko .add'om - przy wrzucaniu plików na serwer wrzucałem sobie też te "smieci". Ale kiedyś postanowiłem wypróbować tę synchronizację serwisu - a na prawdę byłem negatywnie nastawiony - i... przekonałem się. To naprawdę świetne narzędzie! I nie ma problemów z .add'ami (.bak'i mam "wyłączone"). Spróbuj - nie chcę Cię przekonywać na siłę - każdy ma swoje ulubione metody i nie chcę tego zmieniać - po prostu spróbuj - a nuż Ci "styknie"?
Tak na marginesie to TC też nie jest "rasowym" programem FTP więc akurat tutaj nie trafiłeś z tym przesłaniem "odpowiedni program do odpowiednich zadań" - IMO Pająk jest równie dobry jak TC.
Co do położenia plików - też uważałem, że osobny katalog albo wskazana lokalizacja, itp... Ale to rodzi problemy - tak jak pisał Rafał docelowy katalog musiałby dokładnie odzwierciedlać strukturę serwisu - u mnie występuje w każdym serwisie kilka/kilkanaście plików o tych samych nazwach (choćby index.php - jest w większości katalogów) i nie może zaistnieć sytuacja, kiedy Stawonogi będzie zmuszony wsadzić dwa pliki .add o tej samej nazwie do jednego katalogu.
A ponieważ pliki te nie wysyłają się na serwer - bo korzystam z synchronizacji - problem zniknął (domyślnie mam wyłączoną opcję pokazywania plików ukrytych więc w ogóle nie zawracam nimi sobie głowy).
A pliki te naprawdę są przydatne!
Wot wsio.
To tylko moja opinia - może pomoże, co daj Panie Boże