Witam w klubie, mam takie same problemy i nie zanosi się na to by znikły.
Naszym (webmasterów) wrogiem jest ten

$!@#$%#$#% $#%$# %$#%$

IE który gdzie tylko może dodaje sam padding'i i margin'y. Oto moja flagowa recepta na ten problem z pominięciem PHP i JavaScript'u:
"Wjedź" treścią pod nagłówek, tzn. daj treści niższy z-index od nagłówka, a treści przypisz minusowy margines. W tedy w IE strona będzie wyglądała normalnie, a w Netscape zawartość "treści" będzie trochę bliżej nagłówka.
To dość jak mi się wydaje prymitywny sposób, poczekajmy na wypowiedzi specjalistów których jestem bardzo ciekaw.