Co za bzdury!!!
Warstwy są i będą w modelu DOM. Przecież po to powstał w ogóle DOM

, żeby można było dynamcznie ingerować w strukturę dokumentu. Nie ma natomiast przestarzałego znacznika <layer>, który odpowiadał za warstwy w Netscape 4.
W nowoczesnych przeglÄ…darkach (IE 5+, Opera 6+, Mozilla/Netscape6+/Firefox)
każdy element (znacznik) jest warstwą. Prawidłowymi, zgodnymi ze standardem W3C DOM, metodami dostępu do warstw są:
getElementById('id_elementu')
getElementsByTagName('znacznik')
Działają one w przegladarkach IE5.5+, Opera 5+, Mozilla (i bazujące na niej Firefox, Netscape 6+, inne).
Odwołanie w stylu
document.all.warstwa,
document.warstwa albo po prostu
warstwa są wymysłami Microsoftu, ale ze wzgledu na popularność dostępne również w Operze i z tego co pamiętam w Firefox 1.0. Powinny być jednak unikane.
@emanresu: xhtml jak najbardziej pozwala na manipulację warstwami. Tak jak napisalem w innym wątku - podaj przykładową stronę to popatrzymy gdzie tkwi błąd.